Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i vadegræssamfund en relativt høj dækning af bar jord og en moderat dækning af lave, middelhøje og høje græsser og urter (se Tabel 2-4 i Fredshavn og Nygaard 2014). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. Tegn på kystsikring og eutrofiering, dækningen af bar jord og invasive plantearter, samt de positive naturtypekarakteristiske strukturer tillægges en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (Tabel 1320.105).
Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de to kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 1320.105. Det er primært dækningen af bar jord, græs- og urtevegetationens højdefordeling (lave, middelhøje og høje græsser og urter), andelen af arealet med græsning, samt fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen.
Den gennemsnitlige score har ændret sig markant fra anden til tredje kortlægningsperiode for en række indikatorer, hvilket også kommer til udtryk i en tydelig forandring i strukturindekset (se Tabel 1320.102). Der er et tydeligt fald i scoren for bar jord, middelhøj vegetation samt i udbredelsen af negative naturtypekarakteristiske strukturer. Samtidig er der en stigning i scoren for høj græs- og urtevegetation, udbredelsen af positive strukturer og kystsikring. Ændringerne kan dog primært tilskrives den markante ændring i det kortlagte areal med naturtypen og især at en meget stor forekomst ved Vadehavet er kortlagt som en anden strandengstype i den seneste kortlægning. Den ændrede score for de positive naturtypekarakteristiske strukturer (der har 20 % betydning i strukturindekset) hænger sammen med, at listen over strukturerne er ændret, så den er specifik for vadegræssamfundet i stedet for generel for alle strandengstyperne. Således er den mest udbredte positive struktur ”tegn på nylige oversvømmelser” føjet til, sammen med dækningen af almindelig vadegræs. Da det kortlagte areal med naturtypen falder markant fra anden til tredje kortlægningsperiode (se Tabel 1320.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.
Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 1320.103. Det ses, at ugræssede strandenge med en højtvoksende græs- og urtevegetation udgør omtrent to tredjedele af det kortlagte areal, mens græssede rørsumpe med lav vegetation udgør ganske få procent af arealet. Endelig er der en relativt høj dækning af blottede flader, hvilket peger på at en del af vadegræssamfundet er i et tidligt successionsstadium med en mere åben vegetation. Vedplanter er naturligt fraværende i vadegræssamfundet. Der er ikke registreret invasive plantearter (se også afsnit om artssammensætning). Der er ikke registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker, ligesom der kun er registreret afvanding eller kystsikring på ganske få lokaliteter. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning, betydningen af begrænsninger i den naturlige kystdynamik og effekterne af afvanding og vandindvinding på de hydrologiske forhold er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.
Som en del af strukturtilstanden er registreret en række positive og negative naturtypekarakteristiske strukturer, der er specifikke for den enkelte naturtype (link). Stor udbredelse af positive strukturer indikerer, at forekomsterne med vadegræssamfundene har frie dynamiske processer (i form af oversvømmelser og erosion) og er relativt upåvirkede af kulturindgreb i form af omlægning og afvanding. Stor udbredelse af negative strukturer indikerer, at de dynamiske processer er begrænsede, eksempelvis i form af kystsikring og om invasive plantearter er udbredte.
Der er registreret markant større udbredelse af positive end negative naturtypekarakteristiske strukturer på vadegræssamfundene (Figur 1320.104) og den samlede vurdering af omfanget af de negative strukturer er væsentligt lavere end de mest udbredte strukturer. Tegn på nylige oversvømmelser og forekomsten af loer, saltpander eller strandvolde samt en høj dækning af almindelig vadegræs er eksempler på udbredte positive strukturer, mens høj dækning af engelsk vadegræs er den mest udbredte negative struktur.
