Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i visse-indlandsklit en høj dækning af dværgbuske, en moderat dækning af bar jord og lave græsser og urter samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 16-19 i Fredshavn og Nygaard 2014). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I visse-indlandsklit tillægges dækningen af dværgbuske, vedplanter og invasive plantearter, græsning, tegn på eutrofiering samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 2310.105).
Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 2310.105. Det er primært dækningen af vedplanter, invasive plantearter, andelen af arealet med græsning samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen.
For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, eller også er der ingen entydig trend. Faldet i strukturindekset fra anden til tredje kortlægning kan således ikke tilskrives enkelte indikatorer med en tydelig trend, men snarere kombinationen af indikatorer. Der ses et tydeligt fald i scoren for de negative naturtypekarakteristiske strukturer, særligt fra første til anden kortlægning og et fald i de positive fra anden til tredje kortlægning. Begge indikatorer har 12,5 % betydning i strukturindekset og faldet i de positive naturtypekarakteristiske strukturer kan være en del af forklaringen på det lavere strukturindeks i den seneste kortlægning inden for den gamle afgrænsning af habitatområderne (se Tabel 2310.102). Ændringerne fra første til anden kortlægning hænger sammen med, at der ikke var udpeget eksempler på naturtypekarakteristiske strukturer for indlandsklitterne i den første kortlægning. Ændringerne fra den anden til den tredje hænger sammen med, at listen over strukturerne er ændret, så den er specifik for visse-indlandsklit i stedet for generel for de tre indlandsklittyper. Der ses også et fald i scoren for høje græsser og urter, vedplanter, men også i udbredelsen græsning (særligt fra første til anden kortlægning). Da det kortlagte areal med naturtypen stiger fra første til anden kortlægningsperiode (se Tabel 2310.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.
Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 2310.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og erosion fra vinden, formår kun i meget lille grad at skabe og fastholde åbninger i vegetation. Således har blot en femtedel af visse-indlandsklit en dækning af bar jord på mere end 5 %. På hovedparten af arealet er dækningen af laver under 5 %, mens mosserne er noget mere udbredte. Dværgbuske dominerer vegetationsdækket mens græs- og urtevegetationen er noget mere sporadisk, særligt de lavtvoksende græsser og urter. Vedplantedækningen er relativt lav, mens invasive plantearter er ret udbredte (se også Tabel 2310.104). Der er græsning på omtrent en femtedel af arealet med visse-indlandsklit og kun få af de kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er hverken registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring eller randpåvirkninger fra tilstødende marker. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning er vanskelig at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.
Som en del af strukturtilstanden er registreret en række positive og negative naturtypekarakteristiske strukturer, der er specifikke for den enkelte naturtype (link). Stor udbredelse af positive strukturer indikerer, at visse-indlandsklit har frie dynamiske processer (i form af græsning, brand, sandpålejring og erosion) og er relativt upåvirkede af kulturindgreb i form af eutrofiering, reduktion af sandflugt eller tilgroning. Stor udbredelse af negative strukturer indikerer, at visse-indlandsklitterne er stærkt kulturpåvirkede og at de dynamiske processer er begrænsede, eksempelvis ved fravær af græsning.
Der er registreret lidt større udbredelse af negative end positive naturtypekarakteristiske strukturer i visse-indlandsklit (Figur 2310.104). Forekomst af visse-arter og artsrig urtevegetation er de klart mest udbredte positive strukturer, mens dækning af blåtop og eller bølget bunke og monoton og artsfattig vegetation uden væsentlig variation er de hyppigst registrerede negative strukturer.
