Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder vegetationens højde og sammensætning af laver, mosser, urter, græsser, dværgbuske og vedplanter, forekomsten af invasive plantearter, tegn på græsning/høslæt, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger og udbredelsen af en række naturtypekarakteristiske strukturer. Laver, mosser og tørvemosser indgår ikke i beregningerne af strukturtilstanden. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i kildevæld en høj dækning af lave græsser og urter, og en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 37-40 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I kildevæld tillægges tegn på afvanding, andelen af arealet med græsning, dækningen af høje græsser og urter samt invasive plantearter en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 7220.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 7220.105. Det er primært andelen af arealet med græsning, afvanding og dækningen af høje græsser og urter og vedplanter, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af lave græsser og urter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset. For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, eller også er der ingen entydig trend, hvilket også kommer til udtryk i en nogenlunde uændret strukturindeks (se Figur 7220.101). Der ses dog et lille fald i scoren for middelhøj vegetation, dækningen af vedpanter samt i udbredelsen græsning, hvilket kunne tyde på ophørt græsning og øget tilgroning.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 7220.103. Naturlige forstyrrelser, fx i form af græsning og udstrømning af grundvand, har skabt åbninger i vegetationen på en relativt lille andel af det kortlagte areal og 80 % af arealet med kildevæld har en dækning af bar jord på mindre end 5 %. Dækning af bladmosser er relativt høj, om end dækningen er under 5 % på to femtedele af arealet mens laver er stort set fraværende. Vegetationsdækket er relativt højtvoksende og tæt, med dominans af høje og middelhøje græsser og urter som fx kær-tidsel, mens lave græsser og urter er noget mere spredt forekommende. Vedplantedækningen er høj, og mere end halvdelen af det kortlagte areal har en vedplantedækning over 10 %, mens få procent af det kortlagte areal er træløs. Den høje vedplantedækningen hænger delvist sammen med at en del af kildevældene findes i skov. Invasive plantearter er meget sporadisk forekommende (se også Tabel 7220.104). Der er græsning på knap to femtedele af arealet og ingen af de kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er stort set ikke registreret tegn på eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring eller randpåvirkninger fra tilstødende marker. Der er tegn på afvanding i form af perifere eller ikke-fungerende grøfter på halvdelen af det kortlagte areal, men kun tydelig afvanding i form af udrettede vandløb, fungerende grøfter eller drænrør på 6 %. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige hydrologi ved afvanding og vandindvinding er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.