En gunstig tilstand i rigkær forudsætter, at de naturlige hydrologiske processer får lov at råde, og udtørring som følge af afvanding er en af de vigtigste negative påvirkninger af naturtypens tilstand. Rigkær er en grundvandsbetinget naturtype, der findes, hvor kalkrigt, mineralrigt og næringsfattigt grundvand vælder frem eller trykkes op i rodzonen. Naturlig hydrologi i rigkær er relateret til en permanent høj vandstand som følge af opstigende grundvand, der blandes mere eller mindre med udsivende vand fra vandløb, afstrømmende vand fra højere liggende arealer og/eller tilbageholdt nedbør. På arealer med en permanent høj vandstand og iltfrie eller iltfattige forhold sker nedbrydningen af planterne meget langsomt, og der er mulighed for tørvedannelse. Rigkær med naturlig hydrologi rummer både våde partier i lavninger med kæruld, kragefod og bukkeblad, fugtige partier med kær-dueurt, kær-padderok, sump-hullæbe, hirse-star og naturligt tørre partier på toppene af knoldene med vellugtende gulaks, hjertegræs, blågrøn star og mangeblomstret frytle. 

Den naturlige hydrologi i rigkær er ofte påvirket af afvanding ved drænrør, drængrøfter og kanalisering, hvorved det fremstrømmende vand ledes bort. På en lidt større skala vil vandindvinding til drikkevand og markvanding føre til en sænkning af grundvandsspejlet. Desuden er det grundvandspåvirkede areal typisk blevet stærkt indskrænket ved at lede det fremvældende vand bort fra ådale og kystområder ved hjælp af drængrøfter. Rigkær, der har været udnyttet til intensiv græsning og slæt, er ofte afvandet med henblik på at forlænge græsningsperioden samt muliggøre omlægning til kulturgræsser eller udbringning af gødning og har derfor en mere ensartet hydrologi. Sænkning af vandstanden ilter jorden og fremmer herved omsætningen af organisk stof og frigørelsen af næringsstoffer. Dette påvirker sammensætningen af karplanter mod mere kvælstofelskende og tørketolerante arter. Samtidig sker der en negativ påvirkning af bl.a. de invertebrater, padder og fugle, der lever i fugtige/våde rigkær med naturlig hydrologi. Endelig kan en vandtrykssænkning medføre en forsuring, når balancen mellem kalkrigt grundvand og regnvand forskydes. 

En detaljeret beskrivelse af de hydrologiske forhold på overvågningsstationerne er meget ressourcekrævende og ligger uden for NOVANA programmets rammer. Naturtypens hydrologi er derfor dokumenteret ved en estimeret vanddækning i 5 m cirklerne, samt Ellenbergs indikatorværdi for fugtighed. Vanddækningen i 5 cirklen er udtryk for vandstanden på overvågningstidspunktet. Vandstanden varierer betragteligt over året og mellem tørre og våde år og vil kunne ændre sig brat ved øget eller mindsket afvanding. Ellenbergs indikatorværdi for fugtighed er et udtryk for planternes fugtighedspræferencer og dermed et udtryk for de hydrologiske forhold på levestedet integreret over en længere periode.