Den tredje kortlægning inden for den nye afgrænsning af habitatområderne (2016-2019) viser, at 88 % af arealet med aktiv højmose og 46 % af forekomsterne med naturtypen har høj eller god naturtilstand (se Figur 7110.102). Den store forskel hænger sammen med at to polygoner i Tofte Mose, hvor tilstanden høj og god, udgør mere end fire femtedele af arealet med aktiv højmose, mens mange små forekomster har moderat til ringe tilstand. Sammenlagt har 3 % af arealet og 13 % af forekomsterne ringe eller dårlig naturtilstand og er dermed afhængige af en større indsats for at opnå en gunstig tilstand. Den gennemsnitlige indeksværdi for naturtilstand er på 0,57 for de 112 forekomster med aktiv højmose (Tabel 7110.102). Justeringerne af Natura 2000-områdernes grænser har ikke medført væsentlige ændringer i den gennemsnitlige tilstand (Figur 7110.102 og Tabel 7110.102). Figur 7110.101 viser andelen af de aktive højmoser i høj eller god naturtilstand i de 24 habitatområder, hvor naturtypen er kortlagt inden for de nye afgrænsninger. Det ses, at der er stor forskel på tilstanden i de forskellige habitatområder, men ingen tydelige geografiske mønstre i fordelingen. Dog er tilstanden højere i de store forekomster med aktiv højmose i Lille Vildmose, Tofte Skov og Høstemark Skov (habitatområde 18) og Store Vildmose (habitatområde 12) end i de fleste habitatområder med mindre højmoseforekomster. 

Naturtilstanden er en sammenvejning af naturtypens struktur- og artstilstand. Overordnet set har strukturtilstanden på aktiv højmose trukket naturtilstanden op, mens artstilstanden er lidt lavere. Det ses tydeligt i Figur 7110.102 uden arealvægtning og de gennemsnitlige indeksværdier for struktur- og artsindekset er på hhv. 0,66 og 0,52 (Tabel 7110.102). Fordelingen af tilstandsklasserne med vægtning af forekomsternes arealer viser dog, at arealandelen i høj og god strukturtilstand (80 % af arealet) er mindre end de to bedste artstilstandsklasser (90 %). Det hænger sammen med, at artstilstanden i de store højmoseforekomster i Tofte Mose er relativt høj i forhold til den strukturelle tilstand. Det gennemsnitlige naturtilstandsindeks (Tabel 7110.102) er nogenlunde uændret gennem de tre kortlægninger, mens der ses en markant ændring i den arealvægtede fordeling af naturtilstandsklasserne fra første til anden kortlægning (Figur 7110.102). Strukturindekset stiger gennem perioden, hvilket også kommer til udtryk i fordelingen af strukturtilstandsklasserne (både med og uden arealvægtning), særligt fra første til anden kortlægning (se også afsnit om strukturindikatorerne). Det gennemsnitlige artsindeks er faldende i gennem de tre kortlægninger (Tabel 7110.102), hvilket ses af den ikke arealvægtede fordeling af artstilstandsklasserne i Figur 7110.102. Fordelingen af artstilstandsklasser gennem de tre kortlægninger ser anderledes ud hvis der vægtes for forekomsternes areal, og der ses en markant stigning i andelen af arealet i høj og god artstilstand fra første til anden kortlægning. En væsentlig del af denne forskel kan i realiteten tilskrives ændringerne i en enkelt dokumentationscirkel i Tofte Mose (på 941 ha), der har ændret tilstand fra god til høj.