Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder vegetationens højde og sammensætning af laver, mosser, urter, græsser, dværgbuske og vedplanter, forekomsten af invasive plantearter, tegn på græsning/høslæt, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger og udbredelsen af en række naturtypekarakteristiske strukturer. Laver, mosser og tørvemosser indgår ikke i beregningerne af strukturtilstanden. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i aktiv højmose en høj dækning af lave græsser og urter, en moderat dækning af dværgbuske samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 30-33 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. På aktiv højmose tillægges tegn på afvanding og eutrofiering, dækningen af dværgbuske, vedplanter og invasive plantearter samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 7110.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 7110.105. Det er primært dækningen af dværgbuske, vedplanter og invasive plantearter, afvanding samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af lave græsser og urter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset. For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, eller også er der ingen entydig trend. Der ses et mindre fald i scoren for lav og middelhøj vegetation. Men der er også en markant stigning i scoren for afvanding gennem hele perioden, hvilket har en relativt stor betydning for stigningen i strukturindekset (se Tabel 7110.102). Siden NOVANA programmets start har der været gennemført naturgenopretning på en række aktive højmoser i regi af EU's LIFE-programmer LIFE Højmoseprojekt 2005-2011 og Højmoser i Danmark, hvor der er foretaget rydninger af vedplanter på store arealer og sikret mod afvanding på en del af lokaliteterne. Ændringen i den gennemsnitlige score for afvanding kunne tyde på, at flere aktive højmoser har fået en mere naturlig hydrologi som følge af disse aktiviteter, mens der ikke ses en tilsvarende tydelig ændring i scoren for vedplanter (Tabel 7110.105). Den faldende dækning af vedplanter ses derimod tydeligt i kontrolovervågningens faste prøvefelter, mens der frem til 2015 stadig var tegn på en forværring af de hydrologiske forhold, udtrykt ved Ellenbergs gennemsnitlige indikatorværdi for fugtighed. I modsætning til den stikprøvebaserede kontrolovervågning kommer ændringerne i tilstanden på de store højmoseforekomster meget stort til udtryk i beregningerne. Således er der i den første kortlægning af de to største forekomster i Tofte mose registreret, at ”afvanding medfører sommerudtørring og begyndende tilgroning”, mens der i den anden kortlægning af den centrale del af mosen ikke er tegn på afvanding og i den tredje kortlægning er der heller ikke tegn på afvanding i den perifere del af mosen. En del af ændringen i afvandingsindikatoren fra første til anden kortlægning kan muligvis forklares ved ændrede definitioner i de tekniske anvisninger. I den første kortlægningsrunde indgik kendskabet til lokale vandindvindinger således i vurderingerne af effekterne af afvanding. I anden og tredje runde blev beskrivelserne af kategorierne ændret og der blev lagt større vægt på omfanget af grøfter og dræn, mens effekterne af vandindvinding blev nedtonet.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 7110.103. Dækning af levende tørvemosser er relativt lav og på blot to femtedele af arealet med aktiv højmose er dækningen over 30 %. Til sammenligning dækker tørvemosser halvdelen af overfladen i kontrolovervågningens prøvefelter. Dækningen af øvrige mosser er relativt lav, og laver næsten fraværende. Dværgbuske dominerer vegetationsdækket, middelhøje græsser og urter som fx tue-kæruld er ret udbredte mens lave og høje græsser og urter er noget mere spredt forekommende. På enkelte forekomster er dominans af høje græsser og urter. Vedplantedækningen er relativt høj og en tredjedel af det kortlagte areal har en vedplantedækning over 10 % og ganske få forekomster er træløse. Det er uvist i hvor høj grad vedplanterne vokser på selve højmosefladen eller blot i højmosernes rand og laggzone (men se Figur 7110.104). Til sammenligning er vedplantedækningen relativt lav i kontrolovervågningens prøvefelter. Invasive plantearter er spredt forekommende på de aktive højmoser (se også Tabel 7110.104). Der er græsning på enkelte forekomster og der er ingen tegn på eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring eller randpåvirkninger fra tilstødende marker. Der er registreret afvanding i form af perifere eller ikke-fungerende grøfter på næsten to femtedele af det kortlagte areal. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige hydrologi ved afvanding og vandindvinding er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.