Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder vegetationens højde og sammensætning af laver, mosser, urter, græsser, dværgbuske og vedplanter, forekomsten af invasive plantearter, tegn på græsning/høslæt, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger og udbredelsen af en række naturtypekarakteristiske strukturer. Laver, mosser og tørvemosser indgår ikke i beregningerne af strukturtilstanden. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand på nedbrudt højmose, som for de aktive højmoser, en høj dækning af lave græsser og urter, en moderat dækning af dværgbuske samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 30-33 i Fredshavn og Nygaard 2014). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. På nedbrudt højmose tillægges tegn på afvanding og eutrofiering, dækningen af dværgbuske, vedplanter og invasive plantearter samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 7120.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 7120.105. Det er primært græs- og urtevegetationens højdefordeling (lave, middelhøje og høje græsser og urter), dækningen af dværgbuske og vedplanter, afvanding samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af lave og middelhøje græsser og urter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset.

For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder. Og den mindre stigning i strukturindekset kan således ikke tilskrives enkelte indikatorer med en tydelig trend, men snarere kombinationen af indikatorer. Der ses dog en markant stigning i scoren for afvanding, hvilket har en relativt stor betydning for beregningerne af strukturindekset (25 %). Ændringen i den gennemsnitlige score for afvanding kunne tyde på, at flere nedbrudte højmoser har fået en mere naturlig hydrologi. En del af ændringen i afvandingsindikatoren fra første til anden kortlægning kan muligvis forklares ved ændrede definitioner i de tekniske anvisninger. I den første kortlægningsrunde indgik kendskabet til lokale vandindvindinger således i vurderingerne af effekterne af afvanding. I anden og tredje runde blev beskrivelserne af kategorierne ændret og der blev lagt større vægt på omfanget af grøfter og dræn, mens effekterne af vandindvinding blev nedtonet. Der ses et fald i scoren for middelhøje græsser og urter og dækningen af vedplanter, men også en stigning i udbredelsen af græsning. Der ses også en mindre stigning i scoren for de positive naturtypekarakteristiske strukturer (med 15 % betydning i strukturindekset) gennem de tre kortlægninger. Ændringerne fra første til anden kortlægning kan delvist forklares ved ændringer i listen over strukturerne. Da det kortlagte areal med nedbrudt højmose stiger markant gennem kortlægningsperioden (se Tabel 7120.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 7120.103. Dækning af levende tørvemosser er relativt lav og på blot en fjerdedel af arealet med nedbrudt højmose er dækningen over 30 %. Dækningen af øvrige mosser er begrænset, og laver næsten fraværende. Middelhøje græsser og urter som fx tue-kæruld dominerer vegetationsdækket, høje græsser og urter er ret udbredte mens dværgbuske og lave græsser og urter er noget mere spredt forekommende. Vedplantedækningen er høj og halvdelen af det kortlagte areal har en vedplantedækning over 10 %, mens ingen af de kortlagte forekomster er træløse. Invasive plantearter er spredt forekommende på de nedbrudte højmoser (se også Tabel 7120.104). Der er græsning på en sjettedel af forekomsterne, mens enkelte kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er stort set ingen tegn på eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring eller randpåvirkninger fra tilstødende marker. Der er registreret afvanding på langt hovedparten af det kortlagte areal, og der er tydelige tegn på afvanding i form af udrettede vandløb, fungerende grøfter eller drænrør på 43 %. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige hydrologi ved afvanding og vandindvinding er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.