Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand på strandenge en høj dækning af lave græsser og urter og en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 2-5 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. Tegn på kystsikring, afvanding og græsning samt de naturtypekarakteristiske strukturer tillægges en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (Tabel 1330.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 1330.105. Det er primært dækningen af lave græsser og urter, andelen af arealet med græsning, kystsikring samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af middelhøje græsser og urter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset.

For hovedparten af strukturindikatorerne er den gennemsnitlige score uændret gennem de tre kortlægningsperioder, eller også er der ikke en entydig trend. Der er dog en mindre stigning i scorerne for græsning og høslæt, afvanding og kystsikring, særligt fra anden til tredje periode, hvilket kunne tyde på, at flere strandenge har fået et mere naturligt forstyrrelsesregime. At strandengsvegetationen er blevet mere fugtig i perioden harmonerer med en stigende tendens i den gennemsnitlige Ellenberg-værdi for fugtighed i kontrolovervågningens prøvefelter. Der er indgået en række nye plejeaftaler siden 2014 som en del af naturplanindsatsen, hvilket kan forklare en stigende udbredelse af græsning. En højere score for invasive plantearter er umiddelbart en indikation på at deres udbredelse er faldet i perioden. En del af ændringen kan dog også skyldes præciseringer af opgørelsesmetoden. Endelig er scoren for eutrofiering steget, som tegn på, at en mindre andel af vegetationen er tydeligt påvirket af næringsstoffer, men ændringen kan også hænge sammen med metodiske ændringer (fx opdeling af arealer med forskelligt forvaltningsbehov) og en mere grundig kortlægning, særligt fra første til anden kortlægning. En del af forklaringen på stigningen i scoren fra første til anden kortlægning, er at det efter den første kortlægning blev præciseret, at registreringen kun omfatter arealandelen med tydelig eutrofiering og at diffus, luftbåren eutrofiering ikke tæller med. I kontrolovervågningen er der således ingen tegn på en bedring af næringsstatus på strandengene.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 1330.103. Det ses, at græssede strandenge med en relativt åben og lavtvoksende græs- og urtevegetation udgør omtrent to tredjedele af de kortlagte strandenge, mens ugræssede rørsumpe med høje græsser og urter udgør 14 %. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og erosion fra havet, har skabt åbninger i vegetation i form af loer, saltpander og optrådt jordbund, på en relativt lille andel af de kortlagte strandenge. Således har blot en ottendedel af strandengene en dækning af bar jord på mere end 10 %. Selvom der er registreret udbredt forekomst af loer, saltpander og strandvolde (se Figur 1330.104), udgør åbningerne i vegetationen en begrænset andel af arealet. Vedplantedækningen er lav da en stor andel af arealet er græsset og få danske arter af vedplanter er tilpasset salte levesteder. Invasive plantearter er spredt forekommende (se også Tabel 1330.104). Ganske få strandenge er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er kun registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker på en ganske lille andel af forekomsterne. Kontrolovervågningen har vist, at næringselskende arter er vidt udbredte på strandengene, og at der er et højt indhold af plantetilgængeligt fosfor i jorden, hvilket kun delvist kan forklares ved den naturlige tilførsel af næringsstoffer fra havet.  Denne forskel tyder på, at der ikke ses tydelige gradienter i eutrofieringsgraden, hvilket kan forklares ved, at en del af de næringsstoffer, der er tilgængelige for planternes vækst stammer fra historiske tilførsler i forbindelse med opdyrkning eller omlægning. Der er registreret afvanding på halvdelen af de kortlagte strandenge, men der er kun tydelig eller udbredt afvanding i form af udrettede vandløb, fungerende grøfter eller drænrør på godt 7 %. Der er ingen umiddelbare tegn på kystsikring på tre fjerdedele af strandengene, og der er tydelige eller udbredte tegn på begrænsninger af en naturlig kystdynamik på en ottendedel, mens omfattende kystsikring kun forekommer på ganske få af de kortlagte strandenge. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning, betydningen af begrænsninger i den naturlige kystdynamik og effekterne af afvanding og vandindvinding på de hydrologiske forhold er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.