Gunstig bevaringsstatus forudsætter tilstedeværelsen af en række særlige de særlige miljøbetingelser (strukturer og processer), der skaber levesteder for de arter, der er typiske for naturtypen og sikrer dens opretholdelse på længere sigt. Disse strukturer og funktioner kan variere betragteligt mellem og inden for naturtyperne.
Naturtypernes strukturer kan udtrykkes ved sammensætningen af plantearter (fx antal følsomme arter), dominansforhold mellem arter og artsgrupper (fx græsser og dværgbuske), aldersstruktur (fx forekomst af gamle træer), vegetationshøjde, vedplantedækning, fordeling af livsformer (fx andelen af enårige arter), forekomsten af dødt ved, hulheder og rådne partier på levende træer samt abiotiske parametre såsom surhedsgrad eller næringsstoftilgængelighed.
Naturtypernes funktioner (eller processer) er eksempelvis græsning, erosion, sandpålejring, brand, grundvandspåvirkning, oversvømmelser, saltpåvirkning og fragmentering (med øgede spredningsafstande).
I EU's vejledning til Artikel 17-rapporteringen er der ikke faste retningslinjer for, hvordan naturtypernes struktur og funktion skal vurderes (DG Environment 2023).
“Interpretation Manual of European Union Habitats ” er EU's officielle fortolkningsmanual, som giver en fortolkning af de naturtyper, som er på Habitatdirektivets Bilag I (DG Environment 2013) og den danske fortolkning findes på SGAV’s hjemmeside (Miljøstyrelsen 2016). En lang række naturtyper er defineret som afgrænsede floristiske enheder med en specifik artssammensætning (fx kalkoverdrev og rigkær), mens andre er defineret ud fra en kombination af geomorfologi, hydrologi, jordbundskemi, vegetationsstruktur eller arealanvendelse. For mange naturtyper er det derfor vanskeligt at finde indikatorer, der tager hensyn til hele den naturlige variationsbredde. Det gælder eksempel strandeng (1330), der er defineret som både lavtvoksende, græssede strandenge og egentlige strandrørsumpe, hvilket gør det vanskeligt at bruge vegetationens struktur som indikator. En række naturtyper såsom klitlavning (2190) og hængesæk (7140) består af mange forskelligartede plantesamfund (Ejrnæs et al. 2009), hvilket gør det vanskeligt at finde indikatorer, der giver plads til den naturlige variation i vegetationsstruktur og sammensætning af plantearter.
Ifølge Habitatdirektivet skal medlemslandene udarbejde lister over ”typiske arter” (typical species), der skal indgå i vurderingen af de enkelte naturtypers status for struktur og funktion. De typiske arter skal udpeges som repræsentative for de mest sårbare arter i naturtyperne, og hvis disse har det godt, så er det en stærk indikator for at strukturerne og funktionerne i naturtyperne fungerer som de skal. Ifølge vejledningen (DG Environment 2023) udvælges de typiske arter ud fra disse kriterier:
arter, der forekommer regelmæssigt og med høj konstans i en naturtype eller en vigtig variant af den.
arter, der er særligt følsomme over for forringelser af de økologiske kår og reagerer tidligt på ændringer i tilstanden (“early warning” indikatorer).
arter, der kan registreres uden dyre eller destruktive metoder.
Mens der kan være betragtelig usikkerhed om strukturer og funktioners optimale tilstand og naturlige variationsbredde, så vil udviklingen i velvalgte typiske arter være en god målestok for om naturtypen har det godt.
Danmark har endnu ikke udarbejdet lister over typiske arter og disse indgår derfor ikke i 2025-vurderingen af naturtypernes bevaringsstatus.
