I NOVANA-programmets kontrolovervågning er der foretaget målinger af en lang række indikatorer relateret til vegetationens struktur og artssammensætning samt fysisk-kemiske forhold i jordbund, vand og biomasse. I multikriterieberegningerne er der for hver naturtype udvalgt et antal indikatorer, der:
I Tabel 201 er vist de 19 udvalgte indikatorer for naturtypernes struktur og funktion, der afspejler vegetationens artssammensætning, vegetationsstruktur, skovstruktur, næringsstatus og hydrologi.
Vi har så vidt muligt anvendt de samme indikatorer som i de tidligere rapporteringer. Ny viden samt ændringer i overvågningsprogrammets indikatorer har imidlertid ført til at nogle indikatorer er udeladt (fx dødt ved i skovklit) og andre er inddraget i analyserne (fx vegetationshøjde på strandenge).
Da der er stort sammenfald mellem udbredelsen af invasive arter og dækningen af vedplanter, indgår denne indikator i 2025-rapporteringen kun for de fire buskdominerede habitatnaturtyper: havtornklit (2160), grårisklit (2170), enebærklit (2250) og enebærkrat (5130).
Mål for artsdiversiteten, fx ved antal følsomme og meget følsomme arter (stjernearter og tostjernearter, jf Fredshavn og Ejrnæs 2007) indgår ikke som selvstændige indikatorer i analyserne. Det hænger sammen med, at vi mangler viden om hvor mange af disse arter, der kan forventes at være på arealer i en gunstig tilstand. Men vi har anvendt antallet af disse arter i prøvefelterne til at fastlægge kriterieværdier (se Figur 202) for en god bevaringstilstand for de udvalgte indikatorer.
Afhængigt af indikatorernes rumlige fordeling i landskabet (grad af klumpethed) og prøvetagningsmetoden er de opgjort på forskellige geografiske niveauer:
Endelig er nogle indikatorer så klumpet fordelt, at vi har brugt et endnu højere niveau end stationen, dvs hele den biogeografiske region. Det gælder eksempelvis antal store træer, mængden af dødt ved og antal insektbestøvede vedplanter. Her kan et plot bestå kriterierne hvis dets egen måling, stationens gennemsnit eller regionens gennemsnit er tilstrækkeligt stort.
Ved manglende værdier tildeles prøvefeltet stationens gennemsnit for indikatoren. Hvis der mangler målinger på stationen, tildeles prøvefelterne gennemsnittet for den biogeografiske region.