Skestork yngler i kolonier på småøer i fjorde og ved kyster, samt i kystnære søer. Skestork vælger så vidt muligt at yngle på øer, hvortil ræve ikke har adgang. Fuglene søger føde i lavvandede kystområder såsom fjorde og laguner samt i søer og på våde enge. Skestorken er en trækfugl, der overvintrer i Vestafrika. De fleste ankommer til Danmark i marts og april og forlader landet igen i løbet af august og september.

I Danmark yngler skestork indtil videre kun i Jylland, hvor den har etableret faste bestande flere steder ved Limfjorden samt i Ringkøbing Fjord. I en årrække ynglede arten også på øen Langli i Vadehavet. I Østjylland er der kun gjort enkelte ynglefund, bl.a. i Mariager Fjord og på øer i det sydvestlige Kattegat. Som noget nyt er arten begyndt at yngle på Peberholm i Øresund.

Trusler for skestork er prædation på ynglepladserne, især fra ræv og mårhund, og forstyrrelser fra mennesker. Desuden er arten sårbar over for oversvømmelse af rederne i forbindelse med ekstreme højvandshændelser, samt kulde og regn, mens ungerne er små.

Skestork bliver under NOVANA-programmet overvåget efter Intensiv 1-metoden. Arten bliver hvert andet år talt op i de fuglebeskyttelsesområder, hvor den er på udpegningsgrundlaget. Der skal som udgangspunkt gennemføres én optælling i perioden 1.-30. juni (Bregnballe & Holm 2017a).

Overvågningen foregår så vidt muligt ved at fotografere områderne med reder fra en drone. Herefter optælles rederne på fotos. I mindre kolonier og på lokaliteter, hvor landgang er nødvendig for at registrere andre arter, tælles antallet af reder på afstand fra et observationspunkt med godt overblik, eller ved at gennemgå kolonien til fods. 

Skestork blev overvåget i 2019, 2021 og 2023, men alene i de fuglebeskyttelsesområder, hvor arten er på udpegningsgrundlaget. Skestork er som ynglefugl på udpegningsgrundlaget for tre fuglebeskyttelsesområder, der alle ligger i Jylland (Ulvedybet & Nibe Bredning, Ringkøbing Fjord og Skallingen & Langli).

Arten blev første gang overvåget i NOVANA-programmet i 2011 og er også talt i 2014 og 2017. Disse optællinger var alle landsdækkende.

Til beregning af bestandsestimater og bestandsudviklinger (Figur 2) er NOVANA-data blevet suppleret med data fra andre kilder.    

Inden for de tre fuglebeskyttelsesområder, hvor arten er på udpegningsgrundlaget som ynglefugl, blev der i 2023 gjort følgende ynglefund (Figur 1). I Nibe Bredning ynglede 41 par skestorke på Vårholm/Kyøholm og 40 par på Hornsgård Holm. På Høje Sande i Ringkøbing Fjord blev der registreret 228 reder. Selvom der var tale om en nedgang i antallet af ynglepar i kolonien på Høje Sande, var det fortsat Høje Sande, der husede landets største koloni. Desuden blev der fundet 9 ynglende par skestorke på Langli i Vadehavet.

Uden for de fuglebeskyttelsesområder, hvor arten er på udpegningsgrundlaget, blev arten i 2023 fundet ynglende på Venø og på Ejerslev Røn i den vestlige del af Limfjorden (hhv. 7 og 85 reder), på Bågø i Lillebælt (17 reder) og på Peberholm i Øresund (11 reder).

I forbindelse med NOVANA-overvågningen i 2021 blev skestork fundet ynglende i de to fuglebeskyttelsesområder, hvor arten på det tidspunkt var på udpegningsgrundlaget. Da ynglede der 192 par på Vårholm/Kyøholm og 377 par på Høje Sande. Også dengang fandtes landets største koloni på Høje Sande. 

Udvikling i antal og udbredelse

Skestork har tidligere ynglet på Klægbanken i 1900 og 1919 (Olsen 1992), og i Vejlerne har arten ynglet i flere perioder, både i 1920'erne, 1940'erne og senest i årene 1962-1969 (Kjeldsen 2008). Arten genindvandrede som dansk ynglefugl i 1996, hvor enlige par ynglede to steder ved Limfjorden (Grell 1998). I de efterfølgende år voksede bestanden til 103 par i 2012 og videre til 592 par i  2021 (Nyegaard m.fl. 2014, Bregnballe m.fl. 2022). Derefter faldt yngleantallet til 438 par i 2023. Trods de to år med tilbagegang har stigningen i bestanden både på kort (2012-2023) og langt (1980-2023) sigt været statistisk signifikant.

I årene efter genindvandringen blev der etableret en fast bestand i Ringkøbing Fjord (fra 2002), og i en årrække var arten også fast ynglende i Vadehavet (fra 2007) (Nyegaard m.fl. 2014). I Østjylland har der været spredte yngleforekomster, bl.a. i Mariager Fjord, på Hou Røn syd for Aarhus samt i mundingen af Horsens Fjord. Arten har også gjort yngleforsøg ved Sønderjyllands østkyst, nærmere bestemt i Slivsø syd for Haderslev i 2014. På Øerne har der været enkelte ynglefund. Det første var i 2020, hvor et enkelt ynglepar havde etableret sig på en ø nær Fyns Hoved, og i 2022 ynglede 3 par på en ø i Odense Fjord. I 2023 blev der for første gang registreret ynglende skestork øst for Storebælt. Her var der tale om 11 par, der havde etableret reder på Peberholm ved Øresundsbroen. 

Se afsnittet med Referencer for ynglefugle - nederst i ynglefugledelen af rapporten.