Skestork optræder i Danmark ved lavvandede kystområder, fjordlaguner og søer. Den yngler i kolonier på ubeboede småøer, ofte i rørskov. 

I Danmark forekommer arten i størst antal i Vest- og Nordjylland. Skestork genindvandrede som ynglefugl i 1996, og de vigtigste ynglepladser findes i Ringkøbing Fjord og i Limfjorden. I efterårsmånederne er de største koncentrationer i Vadehavet, Ringkøbing Fjord og Limfjorden. Arten ses kun i mindre antal i Østjylland og på Øerne. Skestorken er en trækfugl, der overvintrer i Vestafrika. De fleste ankommer til Danmark i marts og april og forlader landet igen i løbet af august og september.

Den vesteuropæiske bestand af skestork er på 19.000-24.000 individer med et 1 %-kriterium på 210 fugle, og bestanden vurderes at være i fremgang (Wetlands International 2024).  

Der vurderes ikke at være væsentlige trusler mod arten på rastepladserne. Den danske ynglebestand er koncentreret til få kolonier, hvor oversvømmelser i forbindelse med højvande eller forekomst af rovpattedyr kan medføre, at æg og unger i hele kolonien går tabt. Når sådanne begivenheder rammer de største af landets kolonier, kan dette forventes også at påvirke antallet af efterårsrastende skestorke i Danmark.

Skestork overvåges i NOVANA-programmet hvert andet år ved optællinger i august. Arten blev første gang overvåget i 2017, og er talt hvert andet år siden da.

Overvågningen er landsdækkende, men med særligt fokus på de fuglebeskyttelsesområder, hvor arten er på udpegningsgrundlaget som trækfugl. Ved de første optællinger var arten på udpegningsgrundlaget som trækfugl for de Østlige og Vestlige Vejler (F13 og F20). I 2023 var arten kommet på udpegningsgrundlaget for yderligere tre fuglebeskyttelsesområder: Ulvedybet (F1), Agger Tange (F23) samt Ribe Holme og enge med Kongeåens udløb (F51). Optællingerne under NOVANA er suppleret med et kvalitetssikret udtræk fra DOFbasen for at medtage eventuelle betydende forekomster i andre dele af landet. Her er der som udgangspunkt anvendt maksimumtal pr. lokalitet fra optællingsweekenden plus/minus syv dage.

I perioden 2018-2023 er arten overvåget i 2019, 2021 og 2023.

Der blev ved tællingen i august 2023 optalt i alt 856 skestorke (Tabel 1, Figur 1). Langt de fleste fugle opholdt sig i Vestjylland og omkring Limfjorden.

I Vadehavet inklusiv tilstødende områder blev der talt i alt 428 skestorke, heraf 164 ved Saltvandssøen/Margrethe Kog, 153 ved Sneum Digesø og 62 ved Langli. Herudover var de største forekomster 134 i de Østlige Vejler, 91 på Agger Tange og 86 i Ringkøbing Fjord. Øst for Lillebælt var der kun få skestorke, heraf flest i Odense Fjord med 28 fugle.

Ved optællingerne i august 2019 og 2021 blev der optalt henholdsvis 1.013 og 1.060 skestorke. Disse optællinger er omtalt nærmere i tidligere NOVANA-rapporter.

Udvikling i antal og udbredelse

Antallet af skestorke i august har været forholdsvis stabilt i løbet af den periode, hvor arten er blevet overvåget under NOVANA-programmet. Antallet i 2023 er det hidtil laveste og omkring 20 % lavere end det største tal fra 2021. De skestorke, der ses i Danmark i august, udgøres primært af danske ynglefugle og deres unger, men også fugle fra Tyskland og Holland optræder i Danmark (Bønløkke m.fl. 2006, DCE upubl.). Arten yngler ikke nord og øst for Danmark. Antallet må derfor i en vis grad forventes at afspejle udviklingen i ynglebestanden, men samtidig må der også forventes en vis variation fra år til år, blandt andet afhængigt af de danske fugles ynglesucces, og hvor mange der har forladt landet inden optællingen. Antallet af skestorke i Danmark falder i løbet af august (Christensen m.fl. 2022).

Arten var en ret sjælden fugl i Danmark, inden den genindvandrede som ynglefugl i 1996. Siden er bestanden vokset betragteligt, og i 2021 blev ynglebestanden opgjort til 592 par (Lange m.fl. 2022). De seneste år har antallet af ynglende skestorke dog ikke været helt så højt (se beskrivelsen af skestork som ynglefugl).

Skestorkenes geografiske fordeling i august, med flest fugle i Vadehavet, de vestjyske fjorde og Limfjorden, har i hovedtræk været den samme alle de gange, arten har været overvåget.

Optællingerne i august vurderes at give et troværdigt billede af, hvor mange skestorke, der opholder sig i Danmark. Arten forekommer kun i større tal på relativt få lokaliteter, og skestork er en synlig fugl, der normalt er nem at tælle op. Fuglene flytter dog ofte rundt mellem nærliggende lokaliteter, hvilket ved sammentællingen kan gøre det vanskeligt at sikre, at de samme fugle ikke tælles med fra forskellige lokaliteter.

Se afsnittet med Referencer for trækfugle - nederst i trækfugledelen af rapporten.